自2020年1月23日开始，祁玉军放下年迈有病的母亲和即将参加高考的儿子，立刻奔赴工作岗位，全面统筹社区疫情防控各项工作。带病坚持工作，经常加班直至深夜，数小时不能进水，嘴唇干裂起皮出血，她也毫不在意。作为“社区大管家”，带领社区工作人员对辖区2267户居民逐户入户排查、电话随访；联系物业公司做好日常消毒防护工作，加大消杀频率和范围；带领党员干部分组在小区出入口的体温监测点，对来往小区人员进行登记、体温检查，对外来车辆进行劝返；在小区显著位置，悬挂条幅，张贴防护宣传海报及健康提示贴，引导公众自觉做好个人防护；通过微信群等方式将权威媒体发布的疫情防护知识线上推送至各居民群里，及时传递准确信息，缓解居民们的恐慌情绪，处理对于封闭入口而带来的不理解和投诉事宜。在繁忙的工作之余，她还不忘对身边的年轻社工做心理疏导，提醒做好个人防护措施。
